Η Ολομέλεια θεωρεί ότι «κλονίζουν τη θρησκευτική χριστιανική συνείδηση».
Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελοπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.λπ. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του τέως υπουργού Παιδείας καθώς με αυτήν πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του», ενώ παράλληλα είναι αντισυνταγματική, αντίθετη στις διεθνείς συμβάσεις και την Ευρωπαϊκή και Ελληνική νομοθεσία.
Ένας από τους δικηγόρους που ανέλαβαν να υπερασπιστούν τα δίκαια των Ορθοδόξων Χριστιανών ήταν και ο Τρικαλινός Δήμος Θανάσουλας.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ σε έκτακτη συνεδρίασή της δημοσίευσε την υπ΄ αριθμ. 660/2018 απόφασή της, με πρόεδρο τον Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Ευθύμιο Αντωνόπουλο. Με την απόφαση αυτή ακύρωσε την επίμαχη υπουργική απόφαση. Διευκρινίζεται, ότι η ακύρωση του ΣτΕ αφορά μεν το σύνολο της εν λόγω υπουργικής απόφασης, αλλά δεν αναφέρεται στη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών στο Λύκειο, καθώς για το θέμα αυτό εκκρεμεί άλλη αίτηση ακύρωσης.